Non appaiono finora documentati insediamenti preistorici sull'isola di Molara ma agli albori del Cristianesimo si dice che vi fu esiliato Papa Ponziano insieme al prete Ippolito. Nella parte nord occidentale dell'isola, in prossimità di Cala Chiesa, si conservano i resti di una chiesa medievale mononave, di stile romanico intitolata a San Ponziano. La chiesa, di cui non si conosce l'originaria titolatura, è assai simile ad altre costruzioni galluresi di questo tipo come la chiesa di San Leonardo di Balaiana, presso Luogosanto, nella Gallura interna. Attorno a tale chiesa si sono potuti individuare i resti di un centro abitato medievale e più a monte di un castello, probabilmente l'antica Gurguray anche se non si hanno notizie certe sulla sua effettiva consistenza demografica. Nel XV secolo è testimoniata l'esistenza sull'isola di un monastero di monache.

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